أراد دقلديانوس أن يخادعه فأرسله إلى مصر ليجمع الخراج ويجدد برابى الأصنام المتهدمة. فاتخذ القديس من ذلك سبباً وشرع يهدم البرابى، وفى محفل جمعه مع الوالى سرياقوس وكان يضرب المعترفين المسيحيين أبصر ملائكة تضع أكاليل نورانية على رؤوسهم، فصاح قائلاً: "أنا مسيحى" وبعد ملاطفة لم تفلح أمر الوالى بأن يقيدوه بالسلاسل ويرسلوه إلى أريانوس الوالى بأنصنا مع بقية المعترفين.

هناك علق على الهنبازين، وضربوه بالسياط حتى سال دمه على الأرض، ثم سلخوا جلده وأتوا بمسح شعر وحكوا به جراحاته، ثم وضعوا جمر نار تحت جنبه وأسياخ محماة بالنار على وجهه. وكووه بقضبان حديد محماة.. ربط فى ذيل فرس وسحل ووجهه إلى الأرض. وأخيراً قطعت يداه ورجلاه ثم رأسه بحد السيف فى نواحى القوصية بجوار أسيوط. وتعيد له الكنيسة فى 4 بؤونة. ومازالت توجد كنيسة باسم القديس الشهيد يوحنا الهرقلى فى بلدة "أم القصور" مركز القوصية بمحافظة أسيوط، ومحفوظ فيها أعضاء القديس مع أعضاء خاله الشهيد بيفام.